НДС в контракте если исполнитель на УСН

Доброго дня. ООО на УСН участвовала в торгах и выиграла. Заказчик прислал на подпись контракт с выделенным НДС. ООО направило протокол разногласий, т.к. не является плательщиком НДС в связи с применением УСН, но заказчик отказывается вносить измени. ссылаясь на постановления верховного суда (не приводит на какое именно).
Законно ли это и что делать исполнителю, если заказчик отказывается? Как не попасть в реестр недобросовестных исполнителей при этом соблюсти свои права?

Добрый вечер.

Заказчик всего вернее имел ввиду Решение Верховного суда от 09.12.2019 № АКПИ19-798, где признал письмо ФАС России от 18.06.2019 № ИА/50880/19 недействительным.
Эту позицию Верховный суд подтвердил также и в апелляционном определении Апелляционной коллегии от 19.03.2020 № АПЛ20-49.

Да, законно. В контракт, который получает победитель закупки, заказчик должен включить все обязательные условия. К их числу относится условие об уменьшении заказчиком суммы, которую он должен уплатить победителю закупки, на размер налогов, сборов и иных обязательных платежей, связанных с оплатой контракта. При условии, что в соответствии с законодательством РФ эти обязательные платежи подлежат уплате заказчиком в бюджет (п. 2 ч. 13 ст. 34 Закона № 44-ФЗ).

При заключении госконтракта, в котором цена указана с НДС, победитель госзакупки должен заключить его с учетом данного условия. При этом он сохраняет право получить полную стоимость оплаты товаров, работ, услуг по контракту с учетом НДС, и не обязан уплачивать этот налог (п. 41 Обзора судебной практики Верховного Суда Российской Федерации N 3 (2019) (утв. Президиумом Верховного Суда РФ 27.11.2019).
Если стоимость контракта в соответствующем пункте контракта указана «включая НДС» и при оплате контракта заказчиком в платежном поручении выделена сумма НДС, но счет-фактура участником закупки не выставлена, т.к. он применяет спецрежим, то и обязанность уплатить НДС в бюджет согласно положениям главы 21 НК РФ не возникает (письмо Федеральной налоговой службы России от 08.11.2016 № СД-4-3/21119@).

1 лайк