Если пониженная ставка установлена для всех без исключения налогоплательщиков, причем независимо от того, где они ведут деятельность, то подтверждать право её применения не нужно.
Но если ставка установлена для определенной категории налогоплательщиков, например, в зависимости от видов деятельности, то право её применения нужно подтвердить. В принципе давать документы по деятельности вы не обязаны, можно предоставить пояснения в виде справки по видам деятельности. Может это налоговую и устроит.
А вот с книгой ДиР сложнее. В ст.23 НК РФ указано, что ИП обязаны предоставлять по запросу книгу учета доходов и расходов и хозяйственных операций (пп. 5 п. 1 ст. 23 НК РФ). Но такую книгу ведут только ИП на ОСНО. Т.е. требовать книгу ДиР у ИП на УСН просто так налоговая не может.
Перечень случаев истребования документов в рамках камеральной проверки строго ограничен (п. 7 ст. 88 НК РФ). Так, проверяющие вправе в том числе истребовать документы:
- подтверждающие налоговые льготы (п. 6 ст. 88 НК РФ);
- представление которых вместе с налоговой декларацией предусмотрено НК РФ (п. 7 ст. 88 НК РФ);
- подтверждающие правомерность налоговых вычетов по НДС, при камеральной проверке декларации по НДС, в которой налог заявлен к возмещению (п. 8 ст. 88 НК РФ);
- являющиеся основанием для исчисления и уплаты налогов, связанных с использованием природных ресурсов (п. 9 ст. 88 НК РФ).
В списке в статье 88 НК РФ нет книги ДиР, поэтому само по себе требование предоставить книгу в рамках проверки, без какой-либо иной причины, а просто в рамках камеральной проверки, незаконно. Однако отказ в её предоставлении может повлечь негативные последствия, в частности доначисление налога. И потом вам уже придется оспаривать акт камеральной проверки.