Здравствуйте.
Да. Договор на продвижение. Причем, реализация = поступление на счет + УПД на вознаграждение именно по данному договору (выставляется отдельно). То есть корректировку долга делать не надо.
Да. Сч-ф (УПД) вы будете отправлять по ЭДО Яндекс.Маркету.
Правильно.
Да, правильно поняли.
Посмотрите инструкции от Яндекс.Маркета по бухучету.