Работодатели, которые получили субсидию

Добрый день!
Помогите разобраться, о субсидиях в нерабочие дни (работодатели, которые получили такую субсидию, не включают в базу по страховых взносам, а также не начисляют НДФЛ с сумм выплат работникам в размере, не превышающем 12 792 рублей на одного сотрудника). Что нужно начислять, а что нет?

Я так понимаю, что начислаять зарплату надо как обычно, а вот удерживать и перечислять НДФЛ надо с остаточной суммы (которая превышает Мрот) . То же самое и страховые взносы. Но тогда такой вопрос, как это отражать в Расчетах ( 6Ндфл и РСВ) и как быть если работник работает на неполном рабочем дней, зарплата у него меньше МРОТ?

Зарплата каждого работника в одном месяце уменьшается на один МРОТ для расчета НДФЛ и взносов. Вряд ли 1С это уже реализовала.
Полный или неполные рабочий день, роли не играет
Как будет реализовываться в отчетности, пока неизвестно. Но ФНС выпустит очередное письмо с рекомендованными кодами к началу отчетного периода, я так думаю

Как это уменьшается. Должны начислить и выплатить полностью

Неплохо бы было, если бы они сделать как с налогами во втором квартале 2020 года

Я вообще-то про базу для расчета налогов и взносов, о чем прямо и написано в моем предложении, из которого вы выдернули часть.
Как в 2020 году не будет. Тогда были ставки по взносам 0%. В этот раз не входит в базу для начисления взносов 1 МРОТ. А значит работники получат меньше пенсионных баллов. Хотя и мизерная часть балла, но все-таки.