По недостаче укажите в строке Б то количество товара, которое поставлено по этой позиции. Если ничего, значит 0.
Цена остается.
Из пп. “е” п. 2 Правил заполнения корректировочного счета-фактуры:
В графе 4 в строки Б (после изменения) – Если цена поставленных товаров за единицу измерения по счету-фактуре, к которому составляется корректировочный счет-фактура, не изменялась, в указанную графу переносится показатель из строки А графы 4 корректировочного счета-фактуры.
А по браку зависит от того, о чем вы договорились с покупателем (возврат или уценка)