В каких документах субподрядика может фигурировать гос.заказчик?

А вы хотите подписывать документы у всех? Если нет, то зачем указывать в шапке? Достаточно в тексте договора прописать кто заказчик или генподрядчик. Можно и прописать в рамках какого контракта генподряда заключается договор субподряда