ну того контрагента, с которым делаете взаимозачет, и указываете в обоих случаях. Только договоры выбираете разные, и, соответственно, документы.
А есть кнопочка “заполнить” ? по ней автоматом счета встанут.
И если я правильно помню, там два варианта - с промежуточным счетом или без него. Можно без него.
а у вас это один и тот же контрагент? Может быть, он два раза заведен с разными договорами?
Проверьте, по каким именно у вас счетам задолженность, можно и вручную поменять.
В общем, часто при подобной корректировке алгоритм действий такой: выбираете контрагента, договоры, документы, счета, проводите, смотрите по обороткам, ушла ли задолженность, если нет - распроводите операцию, меняете что нужно, опять проводите, опять смотрите, что получилось. В общем, играйтесь ))