Можете удерживать из зарплаты. Если удержание производится по заявлению работника, то нет максимального процента удержания. Т.е. если работник попросил 50% удерживать, то и удерживаете столько же. Теоретически можно и 100% удерживать, но человеку надо на что-то жить.
Я недавно подробно расписывала, почему нет лимита удержания Займ работнику и возврат займа за счет зарплаты - #2 от пользователя Над.К