Добрый день.
Нет, не имеет. НК не предусматривает возможность не отвечать на требование, если оно направляется в последние дни проверки и срок исполнения этого требования истекает после окончания проверки. Ведь налоговики отправили его во время проведения проверки, т.е. в срок уложились.
За то, что ИП не ответит на требование, его могут оштрафовать на 5 тыс.рублей по статье 129.1 НК. Так что ответить надо, хотя бы и с пояснением, что по данным ИП никаких ошибок и несоответствий в декларации нет. А если по данным ИФНС таковые есть, их надо сообщить ИП и тогда будут даны пояснения.
Что касается книги ДиР. Если у ИП обычная, не льготная ставка УСН, то налоговые органы не имеют права требовать документы и книгу в рамках камеральной проверки. Однако стоит учитывать то, что они могут доначислить налог по своему разумению и ИП придется с ними судиться. Например, у ИП по счету прошли суммы, которые доходом не являются и в декларации не отражены.
Пример тому дело № А71-130/2018, выигранное ИП в Уральском округе. Т.е. надо быть готовым к тому, что может быть придется судиться. А исход дела предсказать нельзя, потому что у нас не прецедентное право. Замечу, что в указанном деле первую инстанцию ИП проиграл.
Так что прежде чем провоцировать возможный спор с ИФНС, стоит прикинуть все возможные последствия и подумать, нужно ли это ИП.