Добрый день.
То, что отказали в возврате денег, это предсказуемо - вернуть можно только положительное сальдо ЕНС. А отложенная переплата в него не входит.
Надо добиваться того, чтобы вернули на ЕНС эту сумму, судя по всему только письменными жалобами. С НДФЛ большие сложности сейчас - по корректирующим уведомлениям деньги не возвращаются на ЕНС. По идее должны возвращаться после сдачи 6-НДФЛ (или несдачи, если у ИП нет работников). Но как будет на практике, пока непонятно.