Приветную Вас, Юлия, на форуме клерка!
Лес-ЕГАИС в качестве поля ставится дата завершения/закрытия договора, поставщик поэтому указал. Задавались вопросы про договоры с автоматическим пролонгированием, там тоже приходится через дополнительное соглашение их все время продлевать.
Да, можно через заключение дополнительного соглашения изменить срок завершения договора, если этого нельзя делать, система просто не даст сделать, но с этим не должно быть проблем, учитываете, что эти данные (договоры и даты их закрытия) попадают в декларации.
Под договором понимается также то, что записано в ст. 432 ГК РФ:
Договор считается заключенным, если между сторонами, в требуемой в подлежащих случаях форме, достигнуто соглашение по всем существенным условиям договора.
Это относится к дополнительным соглашениям в полной мере.