Налоговая обнаружила факт расхождения полученных доходов в декларации 3-НДФЛ и Декларации по НДС

Добрый уважаемые специалисты ИП на ОСНО. Налоговая обнаружила факт расхождения полученных доходов в декларации 3-НДФЛ и Декларации по НДС. Метод распределения в программе по умолчание как мне кажется кассовый, т.к регистр ИП Доходы формирует именно поступление на р/с, а не реализация, при оплате от покупателей налоговая база НДФЛ при поступлении на р/с, а не по отгрузке/реализации(поправьте меня, если я ошибаюсь) В программе тоже не смогла найти метод распределения Доходов и расходов. Налоговая требует теперь письменного пояснения, но как аргументировать не имею представления т.к опыта еще очень мало. Подскажите пожалуйста, что и как делать в данном случае.

Вы правильно мыслите. НДФЛ считается по поступлению денежных средств (кассовый метод), а НДС - по начислению. В большинстве случаев эти базы не могут быть равны. Это у них очередной тупой робот сравнивает теплое с мягким.
Напишите отписку из двух предложений.
Но сначала на всякий случай проверьте правильность заполнения деклараций, вдруг где-то действительно вкралась ошибка (НДС с авансов проверьте в первую очередь).