НДФЛ с продажи коммерческой недвижимости

Сейчас налогоплательщик вернулся из налоговой. Ему сказали, сдать декларацию. И на этом все. Больше никаких вопросов и запросов не было. Подскажите, пожалуйста, как на практике происходит? На основании декларации будет начисление пени и штрафов?