Добрый день.
Прежде всего, надо провести инвентаризацию соответствии с частями двенадцатой - семнадцатой статьи 313 НК РФ. Т.е. выяснить остатки товаров, сформировать инвентаризационные описи. Они должны быть сформированы не позднее 31 марта 2023 года, по ним должен быть составлен акт инвентаризации и это все должно быть передано в налоговую в этот же срок.
Потом можно уже считать НДС. Он считается с межценовой разницы по расчетной ставке 9,09% или 16,67%. У вас будет 16,67%.
Сначала оформляются счета-фактуры, потом они вносятся в книгу продаж.
Вы выставляли счета-фактуры с НДС?