Здравствуйте.
При приобретении электронных авиабилетов, при исчислении НДС, подлежащего уплате в бюджет, к вычету принимается сумма НДС, выделенная отдельной строкой в маршрут/квитанции электронного пассажирского билета, составленного автоматизированной информационной системой оформления воздушных перевозок и распечатанного на бумажном носителе. Соответственно, маршрут/квитанция электронного авиабилета регистрируется в книге покупок (смотрите также письма Минфина России от 07.09.2018 N 03-07-11/63996, от 28.05.2018 N 03-07-07/36077, от 30.01.2015 N 03-07-11/3522, от 30.07.2014 N 03-07-11/37594, п. 2 письма ФНС России от 21.05.2015 N ГД-4-3/8565@).
Как мы поняли из вопроса, в электронном билете (маршрут/квитанция) агент указал свой сервисный сбор и сумму НДС с сервисного сбора. Счет-фактуру на сервисные услуги посредник не выписал.
Как разъясняется в письме УФНС России по г. Москве от 01.07.2010 N 16-15/069225@, сервисный (комиссионный) сбор организации-посредника, не входящий в тариф на перевозку, нельзя учесть в составе командировочных расходов. Но его можно признать для целей налогообложения прибыли в качестве прочих расходов, на основании пп. 3 п. 1 ст. 264 НК РФ как суммы комиссионных сборов и иных подобных расходов за выполненные сторонними организациями работы (предоставленные услуги).
Поэтому если сервисный сбор не рассматривать в качестве командировочных расходов, а учитывать в целях налогообложения в качестве прочих расходов, то, учитывая позицию уполномоченных органов, можно говорить о том, что НДС по посредническим услугам - сбору к вычету принимается на основании счета-фактуры и акта выполненных работ.
Следование иной позиции с большой долей вероятности может привести к спорам с налоговыми органами и отстаиванию своей позиции в суде.
Заметим, что еще в 2008 году ВАС РФ в постановлении от 13.05.2008 N 17718/07 (со ссылкой на определение КС РФ от 02.10.2003 N 384-О) разъяснил, что счет-фактура не является единственным документом для предоставления налогоплательщику налоговых вычетов по НДС. Вычеты могут предоставляться и на основании иных документов, подтверждающих уплату данного налога продавцу (исполнителю работ или услуг).
Данная правовая позиция касается не только НДС по расходам на командировки.
Право покупателя на принятие к вычету НДС корреспондирует с обязанностью продавца уплатить эту сумму НДС в бюджет. В определении КС РФ от 02.10.2003 N 384-О, со ссылкой на п. 1 ст. 172 НК РФ, также указано, что счет-фактура не является единственным документом для предоставления налогоплательщику вычетов по НДС, а налоговые вычеты могут предоставляться и на основании иных документов, подтверждающих уплату НДС. Отметим, что в указанном определении рассмотрено право на получение вычета арендатором государственного и муниципального имущества, который выступает налоговым агентом, и для получения вычета, помимо счета-фактуры, в таком случае требуется подтвердить уплату налога в бюджет.
Аналогичные решения принимают и нижестоящие суды (постановления АС Северо-Кавказского округа от 28.04.2017 N Ф08-2516/17 по делу N А15-1057/2016, ФАС Северо-Западного округа от 03.09.2013 N Ф07-6570/13 по делу NА56-4764/2013, ФАС Центрального округа от 08.11.2012 N Ф10-3640/12, ФАС Московского округа от 23.08.2011 N Ф05-6832/11, ФАС Западно-Сибирского округа от 20.07.2009 N Ф04-4134/2009).
Если придерживаться позиции судов, то НДС с суммы сервисного сбора, выделенный отдельной строкой в бланке строгой отчетности (п. 48 Правил перевозки, п. 2 приказа Минтранса России от 18.05.2010 N 116 “Об установлении формы электронного многоцелевого документа”), можно принять к вычету. Косвенно это следует и из писем Минфина России от 06.10.2016 N 03-07-11/58108, от 16.06.2017 N 03-03-РЗ/37488 (вычет неправомерен, если только стоимость дополнительных сборов включает стоимость питания).
По нашему мнению, взимаемый при покупке билета сервисный сбор относится к оплате проезда работника и учитывается в составе расходов на основании пп. 12 п. 1 ст. 264 НК РФ. Аналогичное мнение высказывается и в судебной практике (постановление Тринадцатого ААС от 30.03.2009 N 13АП-951/2009 (постановлением ФАС Северо-Западного округа от 09.07.2009 N А21-6746/2008 оставлено без изменения)). Также существуют разъяснения, что в целях налогообложения прибыли на основании пп. 12 п. 1 ст. 264 НК РФ учитывается полная стоимость проездных билетов, включая стоимость проезда, сервисные сборы, плату за пользование постельными принадлежностями и т.п. (письма Минфина России от 21.11.2007 N 03-03-06/1/823, от 24.07.2008 N 03-03-06/2/93, от 19.06.2017 N 03-03-06/1/37945, от 10.06.2016 N 03-03-06/1/34149).
В связи с этим полагаем, что НДС по сервисному сбору принимается к вычету, так как расходы на проезд поименованы в п. 7 ст. 171 НК РФ и на него у организации есть бланк строгой отчетности, который регистрируется в книге покупок. Но повторимся, что следование данной позиции может привести к спорам с налоговыми органами.