Вы уже общаетесь по этому поводу с нашим экспертом в другой теме Доначислить НДС за счет собственных средств
Первичные документы вам менять не нужно, поскольку вы не переделываете договоры и отгрузочные документы покупателям. Вам надо просто оформить счета-фактуры в одном экземпляре и доплатить налог в бюджет за свой счет. Никаких рисков тут нет, потому что вы платите налог в бюджет.