Добрый день!
Если оплата проезда связана с чрезвычайной ситуацией, то думаю, Вы вправе учесть затраты на провоз работников в налоговых расходах. Это будет в духе письма Минфина от 17.01.2023 № 03-03-06/1/2763. И даже НДФЛ платить не надо.
Только подготовьте документы, что Вы были вынуждены организовать доставку сотрудников. Этим же можно обосновать, почему посадочных мест оказалось больше, чем работников, и почему оплата пустых мест была вынужденной мерой. То есть экономически обоснованной.