Письменно уведомите сотрудника о переплате.
Предложите вернуть либо написать заявление об удержании из будущих выплат.
Не уверена, что данную переплату можно рассматривать как счетную ошибку, поэтому у вас нет права удержания без согласия работника.
Не хочется плодить еще одну тему. ИП на вмененке. У меня есть несколько сотрудников на минималке. Проводил индексацию и переплатил им зарплату. Сумма не такая большая, чтобы заморачиваться с возвратами и т.п. НДФЛ и взносы уплачены со всей суммы. Так вот: мне нужно как-то документировать переплату? Или я могу просто забить, а в следующий раз заплатить по договору, т.е. меньше. Или могут быть какие-то вопросы ко мне со стороны налоговой, например с занижением ЕНВД (занижения не будет, т.к. взносы сильно перекрывают 50% из-за того, что плачу за себя в последнем квартале). Вопросы от трудовой инспекции и т.п?