Это не проблема, а техническая реализация методологии ведения учета. (во как умно написал 
)
В программе есть 2 документа “Реализация ТиУ” и “Счет-Фактура”. Первый отвечает за взаиморасчеты и списание со склада, второй за учет НДС. Каждый из них имеет свою нумерацию. Если вы включаете “УПД”, то по учету должен быть какбы один документ, для нумерации и фискального движения и 1С для этого выбрала С-Ф. т.е. во все печатные формы берется ее номер. Но документ реализация остался со своим номером.
И “Акт сверки” заполняется по реализация и в колонке “Документ” видите его данные, а в колонке “Представление” видите фискальные данные (как в печатных формах) из С-Ф. И различие вызывает диссонанс.
в Реализации проверьте и у вас откроется С-С
Другой вопрос что у вас у этих документов “разошлась” нумерация. Но и такое возможно. Или гдето была реализация без с-ф, или с-ф ввели основании другов вида документов (не реализации) как вариант корректировка, безвозмездная передача или что другое.