При этом, у меня все сотрудники январь и февраль находились в неоплачиваемых отпусках. Что отражено во “Всех начислениях”. Однако, при формировании отчета почему-то отпускникам начисляется ЗП. Я это начисление удаляю, снова формирую отчет. Опять появляются странные начисления. В чем дело?
Вы не удаляйте, а сделайте или исправьте документы Начисление зарплаты за январь и февраль. Данные должны быть нулевые (у каждого сотрудника начисления ноль).
О, как… Спасибо, попробую. Наверное Вы правы, я же никого не увольнял, значит сам факт начисления имел место. А то, что я начислю 0, то это уже мое дело 
Основным документом по начислению зп, ндфл и взносов является Начисление зарплаты. Этот документ обязателен, если у вас сотрудники. Если вы его не создаете, то при закрытии месяца он автоматически создается. Проблема в том, что в 1С предприятии нет автоматического начисления на основе табеля. В ЗУПе он бы автоматически создался нулевым, а в Предприятии приходится исправлять вручную. Так же если бы у вас сотрудники уходили в отпуск, то по них пришлось бы вручную забивать начисленную зарплату за отработанное время, ндфл и взносы.
потому что Вы док начисления неправильно обнулили. У Вас взносы не ушли. Надо сначала с проводки снимать,а уже потом перезаполнять или обнулять вручную. При неснятой галке на проводки уйдет только начисление зарплаты, а взносы останутся.