Сервитут с 01.10.2023

Между автономным учреждением ФГАНУ и организацией (Пользователем участка) заключено соглашение о сервитуте. Плата за сервитут поступает напрямую минуя учреждение к органу власти(учредителю). Будет ли организация (пользователь) с 01.10.2023 являться налоговым агентом по ндс?
Органа власти как 3-ей стороны в договоре нет.

Добрый день.

У вас договор с учреждением, а не с органом власти. Учреждение само должно платить НДС.

Текст нового абзаца 2 в пункте 3 статьи 161 НК РФ почти полностью повторяет условие абзаца 1 этого же пункта, где речь идет об аренде. А при аренде у бюджетных учреждений НДС платят они сами, по этому поводу много писем Минфина.
И есть письмо по сервитуту, когда он еще не был прописан в статье 161 НК РФ, из которого видно, что бюджетные учреждения платят НДС сами (Письмо Минфина России от 22.04.2019 N 03-07-03/29167).

Но все-таки норма новая, неизвестно, как её будет трактовать Минфин. Я бы рекомендовала вам направить им запрос. И выяснить у ФГАНУ, платят ли они НДС с такой реализации.