У вас договор с заказчиком с НДС. Как вы собираетесь его переделывать?
НДС надо будет восстанавливать по ОС, остаткам товаров и материалов.
Если акты выставлены в 2019 году, то они под УСН и не попадут, поскольку в 2019 году у вас ОСНО. С них налог на прибыль платится. Или акты уже будут 2020 годом?
Я в стройке мало что понимаю