НДС будет облагаться реализация товаров, которые производятся на этом имуществе, да.
Обратите внимание на порядок заполнения счетов-фактур в этом случае. В них после порядкового номера через разделительную черту (“/”) должен стоять цифровой индекс, который обозначает конкретный договор доверительного управления (п. 3 ст. 168, ст. 169, п. 2 ст. 174.1 НК РФ, пп. “а” п. 1 Правил заполнения счета-фактуры, пп. “а” п. 1 Правил заполнения корректировочного счета-фактуры).
При этом согласно п. 3 ст. 1012 ГК РФ после наименования доверительного управляющего в строке “Продавец” следует поставить “Д.У.”.
Вознаграждение доверительного управляющего, применяющего УСН, облагается УСН.