УСН и НДС

Добрый день, подскажите пожалуйста. УСН доходы, заключили договор с НДС. Выставили счет на предоплату в т.ч. НДС, предоплата зашла, допустим в 1 квартале, счет-фактуру на предоплату не составляем, НДС не уплачиваем. Во втором квартале составляем акт и счет-фактуру. Вопрос с какой суммы я должна отплатить авансовый платеж по УСН в 1 квартале от суммы с НДС или без, которая зашла как предоплата. Если я сумму доходов могу уменьшить на НДС оплаченный только во втором квартале, как это отобразить в книге учета доходов.

Добрый день!
Ситуация у Вас очень нестандартная. Я могу только предсказать, как ее будут трактовать налоговики.
Учет доходов при УСН ведут кассовым методом. Поэтому полученный аванс в счет поставки товаров, работ, услуг Вы должны учесть в составе доходов на дату его фактического получения (п. 1 ст. 346.15, п. 1 ст. 346.17 НК РФ).
То, что Вы потом отгрузили товар в счет аванса – это уже не доход, а погашение задолженности перед покупателем.
При получении аванса Вы счет-фактуру не выставляли, и НДС не платили. Значит, вся сумма аванса идет в доходы.
Затем при отгрузке Вы выставили счет-фактуру с НДС. Вам нужно уплатить НДС и подать декларацию (п. 5 ст. 173 НК РФ, п. 5 ст. 174 НК РФ).
Но пересчитывать доход Вы уже права не имеете, Вы его раньше получили в полном объеме, без обязанности уплаты НДС. Поэтому и НДС должны уплатить, и налог с полной суммы аванса. То есть НДС платите за свой счет.

Иную позицию Вам придется доказывать налоговикам, и, скорее всего, в суде.

Как вы думаете, а если при получении аванса оплатить сумму НДС на ЕНС и зарезервировать на КБК -НДС. Будет ли это рассмотрено как оплаченный налог НДС и смогу ли я на эту сумму уменьшить Доход по УСН при получении аванса. По аналогии со страховыми взносами ИП)

Вы счет-фактуру на аванс не выставляли. Чисто теоретически, еще, наверное, можно выставить счет-фактуру, подать уточненку по НДС, заплатить НДС вместе с пеней. Тогда доход в виде аванса можно уменьшить на сумму НДС, и подать уточненку уже по УСН.