Добрый день. Подскажите пожалуйста, загружаем отчеты по ЯМ в 1с, должен ли быть остаток по Розичному покупателя (физ лицо) после загрузки всех документов?
Коротко: нет, остатка быть не должно 
Если всё загружено корректно, по физлицу-покупателю (розничному) с Яндекс.Маркета сальдо в ноль.
Когда остаток появляется — обычно причины такие:
-
Не все отчёты загружены
Чаще всего забывают:-
отчёт о перечислении денег,
-
корректировки / возвраты,
-
последний отчёт периода.
-
-
Несовпадение дат
Продажа в одном месяце, а перечисление денег — в другом.
Внутри месяца висит остаток — это нормально, после загрузки отчёта о выплате он должен закрыться. -
Дубли или ручные правки
Если что-то уже проводили вручную, а потом загрузили отчёт — появляется «хвост». -
Ошибки в настройке интеграции
Не тот договор с маркетплейсом, не тот способ расчётов, физлицо вместо ЯМ как агента.
Проверьте оборотно-сальдовую по расчётам с покупателями за период целиком (месяц).
Если после отчёта о выплатах сальдо осталось — значит, какой-то документ не доехал или доехал криво.
скажите ещё, а в операции Реализация отруженных товаров (Розничный покупатель) ставим галочку что оплата через платежного агента?
Коротко: да, ставим 
Если это Яндекс.Маркет (он же принимает деньги от физлиц и потом перечисляет вам), то в «Реализации отгруженных товаров» по розничному покупателю галочка «Оплата через платёжного агента» должна быть установлена.
Почему так:
-
деньги платит физлицо → Яндекс.Маркет,
-
ЯМ выступает платёжным агентом,
-
вы деньги получаете не напрямую от покупателя, а от ЯМ по отчёту о выплатах.
Если галочку не поставить:
-
расчёты пойдут напрямую с физлицом,
-
появятся «вечные хвосты» по розничному покупателю,
-
потом начинается любимый бухгалтерский квест «а почему не сходится?»
Итог:
-
реализация → розничный покупатель
-
оплата через платёжного агента — ДА
-
расчёты закрываются отчётом ЯМ о перечислении средств.
Если вдруг остаток всё равно висит — почти всегда где-то не тот договор или не тот счёт расчётов.