Добрый день!
НДФЛ. Оплата аренды квартиры для иногороднего сотрудника по общему правилу облагается НДФЛ. Она признается доходом работника в натуральной форме (пп. 1 п. 2 ст. 211 НК, письма Минфина от 07.07.2022 № 03-04-06/65366 и от 14.01.2019 N 03-04-06/1153). Инспекторы наверняка будут настаивать, чтобы Вы уплатили НДФЛ.
Но в Вашей ситуации можно использовать пункт 3 Обзора судебной практики, утв. Президиумом ВС 21 октября 2015. Вы арендовали жилье не в интересах работника, а в интересах компании.
К сожалению, вряд ли удастся обойтись без конфликта и суда. Оцените сами, насколько это Вам нужно.
Страховые взносы. Здесь инспекторы будут ссылаться на подпункт 1 пункта 1 статьи 420, подпункт 2 пункта 1 статьи 422 НК. От страховых взносов освобождены только те компенсации работникам, которые установлены законодательством. Случаи аренды жилья для работников сюда не подходят (письмо Минфина от 07.07.2022 № 03-04-06/65366).
Налог на прибыль. Чиновники рассуждают так. В налоговых расходах нельзя учесть затраты на оплату товаров для личного потребления работников, а также другие аналогичные расходы, произведенные в их пользу (п. 29 ст. 270 НК).
Если оплата аренды жилья для работника – это часть оплаты труда в натуральной форме, то учесть такие затраты в налоговых расходах можно. Если оплата аренды жилья носит социальный характер, то учесть затраты нельзя (письмо Минфина от 07.07.2022 № 03-04-06/65366).
Арендные платежи, в общем случае, можно учесть на основании подпункта 10 пункта 1 статьи 264 НК как прочие расходы, связанные с производством или реализацией. Однако чиновники считают, что аренда жилья для работника под этот подпункт не подпадает (письмо Минфина от 06.08.2021 № 03-03-06/1/63394). Поэтому этот вариант опять же придется отстаивать в суде.
Самый безопасный вариант. Проводите оплату жилья как оплату труда в натуральной форме. Начисляете взносы, удерживаете НДФЛ. Зато всю сумму включаете в налоговые расходы.
Иные варианты придется отстаивать через арбитраж.