Это правильно. По старому ОКТМО у вас не было пониженной ставки.
Здесь имеется ввиду когда у фирмы или ИП несколько видов деятельности и пониженная ставка применяется только к определенным видам деятельности. Нельзя сразу применять и пониженную по одному виду деятельности и обычную по другим.
А в вашем случае ставка налога одна по налогу УСН - 1%. А за 1 кв, полугодие и 9 месяцев - это авансовые платежи, а не налог.