Такова сложившаяся практика. Например, если выявлены недостачи, нужно решить, что делать по итогам инвентаризации. Варианты могут быть разными: обратиться в правоохранительные органы; возложить недостачу на конкретное материально-ответственное лицо; списать на некие фонды или компенсацию за счёт прибыли и т.п. и т.д. Для всех этих вариантов нужен приказ, т.к. в ООО обычно - это компетенция руководителя принимать такие решения.
Если есть комиссия, то она свои решения может оформлять протоколами (это не обязательно), но может просто ограничиться соответствующими ведомостями, формами … Кстати, эти формы не обязательны с 1 января 2013 г.