Как исправить сальдо по счету 60,01, если счет фирмы оплачен с личной карты сотрудника?

не соглашусь. Сотрудник не имеет права просто так по хотению своей левой пятки покупать что-либо для организации, а потом требовать возмещения. Если сотрудник что-то для организации приобрел - то сделал это ВСЕГДА по поручению каких-то должностных лиц организации, пусть даже это поручение было устное. И после приобретения должен ОТЧИТАТЬСЯ, => он становится подотчетным лицом. И чем “перерасход” при получении сначала 1 руб. и предоставлении документов на 10 000 отличается от получения 0 руб. и предоставлении документов на те же 10 000 ?

Едет сотрудник на служебном автомобиле в загородную командировку. На трассе лампочку надо купить/поменять шиномонтаж произвести посреди ночи. Звонить согласовывать с руководством?

не надо утрировать. Естественно, согласовывается не каждая лампочка, а принцип - какие лампочки и в каком количестве можно самостоятельно купить при необходимости, а какой ремонт надо согласовывать посреди ночи в том числе.
Но если в организации установлена обязанность ремонт а/м производить в конкретном автосервисе, с которым заключен договор, а водитель по собственной инициативе купит запчасти и начнет менять их сам - ему вполне могут отказать в возмещении расходов.