Добрый вечер.
И для УСН и для ОСНО расходы по оплате исполнителю из Киргизии будут включаться в расходы точно так же, как и расходы по оплате исполнителям из России. Особенности есть только в части налогового агентства.
НДС:
Согласно пп.4 п.29 Протокола 18 к договору ЕАЭС, местом реализации услуг при работах, услугах по разработке программ для ЭВМ и баз данных (программных средств и информационных продуктов вычислительной техники), их адаптации и модификации, сопровождению таких программ и баз данных, является территория заказчика. Т.е.в рассматриваемом случае Россия. Поэтому есть обязанность удерживать НДС у налогового агента. При этом компания на ОСНО может взять такой НДС к вычету, а компания на УСН включить в расходы.
Передача на программное обеспечение (пункт 2 вашего списка), тоже есть в пункте 4 протокола 18 - такие права приравниваются к авторским, согласно нормам Гражданского кодекса. Поэтому при передаче исключительных или неисключительных прав местом реализации для целей НДС тоже будет Россия, с вытекающими обязанностями налогового агента.
Третий пункт вашего списка подходит под электронные услуги, указанные в статье 174.2 НК РФ. На данный момент, эти услуги не указаны в протоколе 18 и поэтому местом реализации таких услуг является территория исполнителя, т.е. Киргизия. Соответственно, обязанности удерживать НДС у российской организации нет (Письмо Минфина России от 22.02.2023 № 03-07-13/1/15291). Однако в протокол 18 подготовлены изменения, которые пока не вступили в силу. И неизвестно, когда они вступят, поэтому надо следить за ситуацией.
Что касается налогового агентства по налогу на прибыль и сертификатов.
В случае если договором об оказании услуг по выполнению работ по разработке программ ЭВМ, заключенным между российской организацией - заказчиком и киргизским исполнителем, предусмотрено получение исполнителем дохода за передачу исключительных и неисключительных прав на все авторские работы, выполненные исполнителем, то такой вид дохода облагается налогом на прибыль в соответствии с пунктом 4 статьи 309 НК РФ. Это же касается и продажи программного обеспечения, поскольку это и есть передача исключительных или неисключительных прав.
Для целей применения Соглашения об избежании двойного налогообложения между РФ и Киргизией, такие доходы квалифицируется как роялти, к которому применяются положения статьи 11 “Доходы от авторских прав и лицензий” Соглашения. В части роялти вам были даны исчерпывающие пояснения в этой консультации Компания из Киргизии. В том числе и о подтверждении резидентства.
Что касается доходов от услуг интерактивных сервисом, то если при этом не передаются какие-либо права, то они не облагаются российским налогом на прибыль, потому что не указаны в статье 309 НК РФ.