В части налогообложения доходов с точки зрения российского законодательства нет. С доходов как обычно уплачивается налог на прибыль и НДС. В части налога на прибыль могут быть особенности, если налоговым законодательством Киргизии предусмотрено обложение доходов в виде роялти, такие же, как и у нас в России. Т.е. если они будут удерживать свой налог на доходы, то надо будет воспользоваться соглашением об избежании двойного налогообложения.
УСН соглашения об избежании двойного налогообложения не касаются, так что в любом случае налог придется платить по обычной ставке.
По НДС разъяснения даны в этой теме, только все будет ровно наоборот. По электронным услугам компания на ОСНО должна будет платить наш НДС в обычном порядке. По работам по разработке ПО и передаче прав киргизская сторона должна будет удерживать свой НДС, если такие работы у них облагаются этим налогом. Потому что местом реализации будет Киргизия.