КС-2 является отгрузочным?

В том, что авансы на материалы выставлялись счетами с поэлементным разбитием на составляющие. Видимо, кто-то у заказчика накосячил, не привязав эти счета к договору, а теперь пытается выехать на подрядчике.

Ну не каждый. Особенно на стадии заключения договора.