Налоги и отчеты если есть обособленное подразделение

Да, так. Но организация должна быть зарегистрирована по месту нахождения ЕИО. Если утверждаете, что он работает в Спб, то надо перерегистроваться. Но никто не может запретить вашему директору посещать ОП или обязать постоянно сидеть в Москве
Вас по юр.адресу то вообще найдут?

И декларации не сдаете?