Добрый день.
Да, белорусский контрагент прав. У него нет ни обязанности, ни даже прав исчислять российский НДС. Поскольку это обязан делать налоговый агент в соответствии с протоколом 18 к договору ЕАЭС.
В договоре просто указывается сумма 1 000 000 с указанием, что стоимость не включает косвенные налоги, уплачиваемые в соответствии с законодательством РФ. Либо 1 200 000 с указанием, что стоимость включает косвенные налоги, удерживаемые заказчиком. Но в любом случае документы белорусский исполнитель выставляет без российского НДС - он не может его исчислять.