День добрый
Все верно.
Тут вопрос архитектуры конфигурации. И это отличия задала 1С.
Так С-Ф как отдельный документ у 1С вообщем давно сделано. И если брать актуальный релиз Бухгалетрии ред.3 то в ней есть режим упрощенный НДС. Когда данные по С-Ф в первичном документе, но физически все равно создается отдельный документ и этого пользователь не видит.
Конфигурации типа “комбайн” для разных вариантов учета. Ну ОСНО тут можно получить освобождение от ндс) и для каждого случае далать отдельную конфигурацию 
Как по мне создание отдельного документа технически удобней для корректного отражения учета.
Ответ на ваши вопросы. Штатно нет, только используя доработкой.
(Если только эти два пункта то делается не сложно).