А какой был реальный вклад участника ООО в уставной капитал? Какой у вас режим налогообложения?
Для расчета налога на прибыль берутся рыночные цены недвижимого имущества.
НДФЛ. Имущество, переданное участнику при ликвидации общества, признается доходом в натуральной форме и подлежит налогообложению в соответствии со ст. 211 НК РФ (письма Минфина России от 14.03.2018 № 03-04-05/15640, от 30.06.2014 № 03-04-05/31447). Размер дохода определяется как рыночная стоимость полученного имущества (п. 1 ст. 211 НК РФ, письмо Минфина России от 08.08.2013 № 03-04-05/32068). Т.е. налоговая база определяется как стоимость товаров (работ, услуг), иного имущества, исчисленная исходя из их цен, определяемых в порядке, аналогичном предусмотренному ст. 105.3 Кодекса, то есть исходя из уровня рыночных цен.
Как минимум, вам нужно не балансовую стоимость изучать, а посмотреть на кадастровую стоимость, также можно привлечь оценщика. Налоговый вычет в размере 250 тыс. руб. по пп. 2 п. 2 ст. 220 НК РФ вполне можно использовать, если нет никаких документов, подтверждающих внесение в уставной капитал участником вкладов.