Отказ в зачете незаконен. Это надо оспаривать, жалобы писать. Но вообще надо было написать заявление на возврат, обосновывая тем, что была ошибка в платежке и поэтому НДФЛ задвоился. Т.е. надо показать, что вы не удерживали НДФЛ более положенного у работников, а произошла техническая ошибка.
К заявлению на возврат можно приложить Письмо ФНС России от 06.02.2017 № ГД-4-8/2085@, либо сейчас использовать его при оспаривании отказа в зачете НДФЛ. Кстати, вы его в счет чего хотели зачесть?
НДФЛ действительно особый налог. Он не вашей фирмы, а людей, которые у вас работают. И в расходы вы ставите не налог, а зарплату.
Т.е. у вас начислено 10 000 рублей зарплаты, выплачено работнику 8 700, а 1 300 уплачено в бюджет удержанного у него НДФЛ. И в расходы вы ставите зарплату 10 000 рублей, но двумя записями в книге ДиР, потому что два разных первичных документа - ведомость на выплату зарплаты и платежка на уплату налога.
Поэтому если у вас нет уплаты в бюджет, то у вас нет и расхода, ведь кассовый метод.
Что касается страховых взносов. Проблема в том же кассовом методе. Нет факта уплаты в налоговом периоде - нет и расходов в этом периоде.
Чтобы поставить эту переплату в расходы, надо написать заявление о зачете переплаты в счет предстоящих платежей по этим же взносам. И тогда их можно будет учесть в том, периоде, в котором будет зачет.