Получение оплаты за пользование ПО от иностранной организации. Кто и какие налоги платит

К сожалению, раз у вас ставка 0%, зачесть налог вам некуда.

Выбор не у вас, а у государства. Государство Беларусь считает, что налог надо удерживать в этом случае. И наше государство в подобных случаях (когда мы белорусам платим) считает так же.
Так что вы не можете воспрепятствовать удержанию налога, оно законно. Просто при установлении ценовой политики надо учитывать удержание налогов в другом государстве.