Согласно пп.4 п.1 ст.148 НК РФ, при передаче прав местом реализации признается место нахождения покупателя. Таким образом, российским НДС такая реализация не облагается.
По налогу на прибыль. Между Правительством РФ и Правительством Республики Узбекистан действует Соглашение об избежании двойного налогообложения доходов и имущества. Роялти, возникающие в одном договаривающемся государстве (в Узбекистане) и выплачиваемые резиденту другого договаривающегося государства, облагаются налогами только в этом другом государстве (в России) (п. 1 ст. 12 Соглашения).
Термин “роялти” при использовании в ст. 12 Соглашения включает платежи любого вида, получаемые в качестве возмещения за использование или за предоставление права использования авторских прав на любое произведение литературы, искусства или науки, включая кинофильмы и записи для радиовещания и телевидения и видеокассеты, любые патенты, торговые марки, дизайн или модель, план, компьютерные программы, секретные формулы или процессы, или за информацию относительно промышленного, коммерческого или научного опыта (п. 2 ст. 12 Соглашения).
Таким образом, узбекская компания не должна удерживать налог на доходы, но для этого российская компания должна предоставить ей документ о резидентстве в России.
2. НДС, удержанный налоговым агентом в другой стране, включается в прочие расходы на основании пп. 49 п. 1 ст. 264 НК РФ.
Налог на доходы не должен удерживаться налоговым агентом (см.п.1) поэтому его нельзя никак учесть при налогообложении в России. Налог на прибыль по российскому НК уплачивается в обычном порядке.