Добрый день! Помимо НДФЛ, физлицу придется заплатить НДС. Его деятельность признают предпринимательской, так как он будет сдавать в аренду коммерческую недвижимость, не предназначенную для личного использования.
То, что физлицо не зарегистрировалось как предприниматель, ничего не меняет (постановление КС РФ от 27.12.2012 № 34-П, ст. 11 НК). Налоговики вправе квалифицировать сдачу в аренду коммерческой недвижимости как предпринимательскую деятельность самостоятельно.
Обязанность по исчислению и уплате НДС в отношении физлиц, не зарегистрированных в качестве ИП, но которые ведут предпринимательскую деятельность, установлена в пункте 2 статьи 11, статье 143, подпункте 1 пункта 1 статьи 146 НК.
Судиться бесполезно. Арбитры на стороне инспекций (см., например, определения ВС от 11.11.2021 № 302-ЭС21-20756 и от 28.12.2020 № 305-ЭС20-20560).
Чтобы учесть расходы на аренду апартаментов, Вам понадобятся договор аренды, и акты об оказании услуг по аренде.
Однако рекомендуем все-таки решить вопрос с НДС заранее. Физлицо должно выбрать какую-то налоговую систему.
Если, например, выберет общую, то сможет выставлять Вам счета-фактуры. А Вы тогда получите право вычитать входной НДС. Если выберет спецрежим, то, по крайней мере, ему не надо будет начислять НДС.
Учтите, что оформлять самозанятость физлицу бесполезно. Минфин неоднократно сообщал, что спецрежим в виде НПД не применяется в отношении оказания услуг по сдаче в аренду нежилого помещения (письма от 05.03.2021 № 03-11-11/15838, от 12.02.2021 № 03-11-11/9774, от 27.12.2019 № 03-11-11/102607).