Расходы, цель которых (с точки зрения облагаемых НДС / не облагаемых НДС операций) четко определена, распределять, конечно, не нужно.
Распределяются не затраты, учтенные на каком-то счете (в частности, на счете 44), а затраты общего характера, которые невозможно с определенностью отнести ни к операциям, облагаемым НДС (и значит, по которым разрешен вычет НДС), ни к операциям, по которым вычет НДС невозможен.
Насколько детализирован в организации бухучет, какие применяются субсчета, аналитика и т.п., определяется рабочим планом счетов и утвержденной учетной политикой. Например, можно ввести на счете 44 субсчета, на которых будут раздельно отражаться операции, связанные
А) с деятельностью, облагаемой НДС (продажа товаров, облагаемых НДС)
Б) с деятельностью, не облагаемой НДС. И это могут быть, например, коммерческие расходы, связанные с продажей товаров, местом реализации которых не признается России или реализация которых освобождена от НДС (например, медицинские товары по утвержденному перечню). А также с реализацией земельных участков, как в ситуации Вашей организации. И т.п.
В) с общехозяйственной деятельностью. Эти расходы нужно для проверки 5% критерия распределить.
Например, если у организации в одном помещении находятся рекламщики, маркетологи, кадровики, бухгалтеры и т.п., то нужно распределить расходы по аренде этого помещения, услугам связи, коммунальным услугам и др.
Как распределить, организация решает самостоятельно. Можно пропорционально площадям, которые занимают сотрудники соответствующих подразделений, можно по численности персонала (если предположить, что на каждого сотрудника приходится равная площадь) и т п.
На счете 91.2 также могут быть расходы «целевые» и общего назначения. Например:
А) расходы по продаже основных средств (но не земельных участков): остаточная стоимость, комиссионные вознаграждения посредникам, консультационные услуги по этой продаже - «целевые» расходы, относятся к операциям, облагаемым НДС.
Б) передача товаров в рамках благотворительной помощи; расходы по продаже земельных участков (остаточная стоимость, комиссионные вознаграждения посредникам, консультационные услуги по этой продаже) - «целевые» расходы, относятся к операциям, не облагаемым НДС.
Расходы, учтенные на счете 91.2, которые не имеют никакого отношения к объектам обложения НДС, принимать в расчет для 5% критерия не нужно. В частности, не нужно учитывать в расчете 5% критерия проценты по полученным займам и курсовые разницы, потому что они не имеют отношения к реализации и вообще к объектам обложения НДС.
Проверять (и распределять для 5% критерия) нужно расходы только по тем операциям, которые в соответствии со статьей 146 НК могут быть объектом обложения: реализация, передача, строительно-монтажные работы.
Не включаются в выручку и не учитываются для целей НДС (для 5% критерия или для пропорции, если необходимо распределить общехозяйственные расходы):
- проценты по депозитам и остаткам на банковских счетах (письма Минфина России от 17.03.2010 № 03-07-11 /64 и 11.11.2009 № 03-07-11 /295);
- дивиденды по акциям либо долям в уставном капитале хозяйствующих субъектов (письма Минфина России от 03.08.2010 № 03-07-11/339, от 17.03.2010 № 03-07-11/64);
- дисконты по векселям (письмо Минфина России от 17.03.2010 № 03-07-11 /64);
- средства финансирования, полученные структурными подразделениями, в том числе филиалами от головных компаний (письмо Минфина России от 27.10.2011 № 03-07-08/298, Постановление Президиума ВАС РФ от 30.07.2012 № 2037/12);
- операции, связанные с обращением валюты (за исключением целей нумизматики) (пп. 1 п. 3 статьи 39 НК, письмо Минфина России от 11.03.2019 N 03-07-11/15267).
Все операции, не облагаемые НДС (по любой причине: потому что местом реализации не считается Россия, или потому что это льгота по ст. 149, или потому что это освобождение от НДС по ст. 146) мы приводим в разделе 7 Декларации. Коды этих операций приведены в Приложении № 1 к Порядку заполнения декларации, на них и нужно ориентироваться, если есть сомнение, показывать ли эту операцию в разделе 7 Декларации и учитывать ли ее расходах для проверки 5% критерия.