Налог на прибыль начисляется с суммы за минусом НДС.
Вопрос о том, как будет предоставляться право пользования - самый главный для НДС. Потому что на данный момент электронные услуги, оказываемые организациями стран ЕАЭС, облагаются НДС у себя в стране.
Главный документ по НДС для ЕАЭС - Протокол 18 к договору ЕАЭС. Из письма Минфина от 19.02.2019 N 03-07-13/1/10369)
Поскольку услуги, оказываемые в электронной форме, не поименованы в подпунктах 1 - 4 пункта 29 Протокола, место реализации этих услуг для целей исчисления налога на добавленную стоимость определяется согласно подпункту 5 пункта 29 Протокола по месту нахождения исполнителя услуг.
Учитывая изложенное, местом реализации услуг в электронной форме, оказываемых хозяйствующими субъектами государств - членов ЕАЭС российским организациям, территория Российской Федерации не признается и, соответственно, такие услуги налогом на добавленную стоимость в Российской Федерации не облагаются.
Т.е. на сегодня обязанности удерживать НДС у вас нет.
Но надо иметь ввиду, что скоро это изменится и электронные услуги в Протокол внесут, уже поправки приняты, но не всеми странами ратифицированы. Так что надо следить за ситуацией.
Что касается налога на прибыль. У нас с Казахстаном действует соглашение об избежании двойного налогообложения. Согласно нему роялти облагаются налогом на прибыль по ставке 10% (статья 12 Соглашения). К роялти относятся платежи любого вида, получаемые в качестве вознаграждения за пользование или предоставление права использования любого авторского права на произведения литературы, искусства или науки, включая компьютерные программы.
Чтобы применить ставку 10% вам понадобится от контрагента подтверждение того, что эта иностранная организация имеет постоянное местонахождение в Казахстане (выдает Минфин Казахстана, который выполняет ту же функцию, что у нас ФНС).
Плюс подтверждение того, что контрагент имеет фактическое право на получение дохода. Подтверждения могут быть получены, например, в форме выданных иностранными организациями заверительных писем, подтверждающих отсутствие у иностранной организации договорных или иных юридических обязательств перед третьими лицами и ограничений ее прав при использовании полученных от российской организации доходов и наличие у этой иностранной организации права самостоятельно пользоваться и распоряжаться данными доходами.
Если у вас есть эти два документа, вы можете облагать доход налогом на прибыль по ставке 10%.