Добрый день.
Письмо весьма сомнительное с точки зрения закона, потому что обоснование того, что там написано никуда не годится.
Во-первых, у ИП нет бухгалтерского учета и бухгалтерских регистров, потому что он бухучет не ведет. Во-вторых, даже если считать таковым книгу ДиР (это налоговый регистр), совершенно непонятно, как факт получения предоплаты превращается в реализацию с точки зрения того же Налогового кодекса. Аванс и по НК аванс. Потому что реализация - переход права собственности на товар (статья 39 НК).
Поэтому применять письмо или нет, решать вам. Но учтите, что завтра ФНС может поменять свое мнение. Если на подобный вопрос ответит не зам. руководителя ФНС Бударин (имеющий техническое образование), а представитель ФНС с юридическим образованием.