Добрый день!
В расходы Вы можете принять оплату коммуналки. Ссудополучатель обязан поддерживать вещь, полученную в безвозмездное пользование, в исправном состоянии, включая осуществление текущего и капитального ремонта, и нести все расходы на ее содержание, если иное не предусмотрено договором безвозмездного пользования (ст. 695 ГК РФ, постановление АС Северо-Кавказского округа от 04.09.2017 по делу № А32-10416/2016).
Плата за обеспечение помещения коммунальными услугами, а также расходы на его текущий ремонт относятся к расходам ссудополучателя, если иное не установлено договором ссуды. Указанные суммы учитываются в расходах и в случае, если они возмещаются ссудодателю (письмо УФНС России по г. Москве от 09.01.2008 № 18-11/000184@).
Если коммунальные платежи вы возмещаете отдельным платежом сверх арендной платы, отражайте их в расходах на дату оплаты в общем порядке (подп. 5 п. 1 ст. 254, подп. 5 п. 1, п. 2 ст. 346.16, подп. 1 п. 2 ст. 346.17 НК РФ). А у Вас арендной платы как раз и нет – только платежи за коммуналку.
Ситуация неоднозначная в части НДФЛ.
С одной стороны, по ГК РФ Вы как ссудополучатель обязаны содержать имущество, в том числе – платить коммуналку. Если оплата коммунальных услуг производится в интересах ссудополучателя, то у ссудодателя дохода нет (письмо Минфина от 24.12.2008 № 03-04-05-01/470).
С другой стороны, если условиями договора безвозмездного пользования предусмотрено, что расходы на коммунальные и эксплуатационные услуги возмещаются ссудополучателем ссудодателю, стоимость таких услуг является доходом ссудодателя и подлежит налогообложению НДФЛ (письмо УФНС России по г. Москве от 16.06.2010 № 20-14/4/062935, постановление АС Северо-Западного округа от 08.09.2015 по делу № А26-9799/2014).
Иначе говоря, проблемы с налоговиками в части НДФЛ могут быть. Из осторожности я бы НДФЛ всё-таки удерживал.