Добрый день!
Само по себе подписание актов позже договорных сроков не означает просрочку исполнителя (например, постановление АС Московского округа от 31.10.2019 № Ф05-18098/2019 по делу № А40-235972/2018).
То обстоятельство, что работы приняты (как я понял из вопроса), затрудняют возможность применения договорных санкций. Ответы на Ваши вопросы:
1. Согласно пункту 3 статьи 9 Федерального закона от 06.12.2011 N 402-ФЗ первичный учетный документ должен быть составлен при совершении факта хозяйственной жизни, а если это не представляется возможным, то непосредственно после его окончания. Лицо, ответственное за оформление факта хозяйственной жизни, обеспечивает своевременную передачу первичных учетных документов для регистрации содержащихся в них данных в регистрах бухгалтерского учета, а также достоверность этих данных.
По смыслу ст. 720 ГК РФ завершение работ подрядчиком и сдача готового результата заказчику оформляются актом выполненных работ или иным документом, подтверждающим факт выполнения работ и сдачу результата заказчику. В отношении договора строительного подряда ст. 753 ГК РФ прямо предусматривает, что сдача результата работ подрядчиком и приемка его заказчиком оформляются актом. Именно он подтверждает сдачу результатов работ и, соответственно, факт их выполнения. Если обратиться, в частности, к положениям НК РФ, то в целях момента определения налоговой базы по НДС днем выполнения работ следует признавать дату подписания заказчиком акта сдачи-приемки работ (Письма Минфина России от 27.09.2019 N 03-07-11/74445, от 07.03.2019 N 03-07-14/14948, от 13.10.2016 N 03-07-11/59833 ). Аналогичные нормы установлены общими правилами для даты признания доходов подрядчиком при методе начисления на дату передачи результатов выполненных работ заказчику (ст. 720 Гражданского кодекса РФ, п. 3 ст. 271 НК РФ) и признания материальных расходов заказчиком (п. 2 ст. 272 НК РФ) на дату подписания налогоплательщиком акта приемки-передачи услуг (работ) - для услуг (работ) производственного характера.
2. Что касается тезиса о «связанности компаний», то следует отметить следующее:
само по себе не применение договорных санкций не свидетельствует о связанности компаний;
подобный аргумент может быть упомянут лишь в совокупности с другими действиями, свидетельствующими об этом.