Обязанность по раскрытию прямо прописана в пункте 7 статьи 6.1 Федерального закона от 07.08.2001 № 115-ФЗ. Не думаю, что положения закона о персональных данных могут противоречить этому требованию.
В законодательстве точно не прописано, какими именно документами нужно подтверждать бенефициаров. Сказано, что при раскрытии информации указываются сведения, позволяющие однозначно идентифицировать бенефициарных владельцев (письмо Росфинмониторинга от 29.07.2019 N 01-04-05/17015). Практически это означает, что документы, которые Вы предоставляете аудитору, позволяют однозначно понять, о каком человеке или организации идёт речь. Например, паспортные данные и ИНН однозначно определяют физлицо.