Учет счетов-фактур на аванс по счетам или по договору в целом

Добрый день! ФНС прислала требование устранить расхождения в НДС с покупателями. У нас ведется учет по заказам, а покупатель ведет учет по договору в целом. Мы формируем счета-фактуры на аванс, затем происходит реализация, мы производим зачет НДС по одному счету-фактуре, а покупатель восстанавливает по другому. Правомерно ли ФНС требует уточненную декларацию? Где нужно прописать ведение учета по заказам - в Учетной политике, в договоре с покупателем?

Здравствуйте!
Порядок зачета авансов определяется по соглашению сторон. Т.е. смотреть надо, что написано в вашем договоре.
При отсутствии каких-либо условий о порядке зачета авансов можно обратить внимание на назначение платежа, которое указывает ваш покупатель. Оплата идет по конкретному счету или по договору?
В любом случае занижения налога у вас быть не должно, а потому требование о подаче уточненной декларации не правомерно.
Согласно ст. 81 НК вы вправе подать уточненку, но не обязаны, если есть неточности.
Полагаю, что вам стоит направить в ФНС ответ с утверждением, что у вас всё отражено верно.

Спасибо за ответ! Если при выдаче счета-фактуры на аванс подписывать доп. соглашение к договору о порядке зачета авансов по заказам, то это будет подтверждением правильности ведения учета?

Конечно, будет, если зачет аванса будет происходить в соответствии с положениями этого соглашения.
Только технически такой порядок может быть излишне трудозатратен. Ваш контрагент будет это подписывать при каждом авансе? Он вообще может быть против “позаказного” учета.
На мой взгляд, целесообразнее было бы разово согласовать порядок зачета авансов.

Я имела в виду оформить доп. соглашения к действующим договорам и добавить это условие в новые договоры. Или каким образом лучше разово согласовать порядок зачета авансов?
Трудозатратно, но при сообщении от ФНС о разрывах можно будет предоставить документ, сейчас они заставляют любым способом устранить разрывы. Покупатели отвечают, что ведут бухгалтерский учет так, как удобно им.

Согласовывать порядок зачета авансов надо с каждым покупателем (в новом договоре, доп.соглашением к действующему).
Это и будет разовым согласованием, ведь предполагается, условие зачета авансов в том или ином порядке будет единым для всего договора.

Спасибо за ответы!