Здравствуйте!
Порядок зачета авансов определяется по соглашению сторон. Т.е. смотреть надо, что написано в вашем договоре.
При отсутствии каких-либо условий о порядке зачета авансов можно обратить внимание на назначение платежа, которое указывает ваш покупатель. Оплата идет по конкретному счету или по договору?
В любом случае занижения налога у вас быть не должно, а потому требование о подаче уточненной декларации не правомерно.
Согласно ст. 81 НК вы вправе подать уточненку, но не обязаны, если есть неточности.
Полагаю, что вам стоит направить в ФНС ответ с утверждением, что у вас всё отражено верно.