Восстановление НДС при выполнении гарантийного ремонта (2017-2018)

Добрый день. Наша организация в 2017-2018 гг. применяла раздельный учет (ОСНО, ЕНВД). Оказывали и заказывали у основной организации услуги по гарантийному ремонту (являлись авторизованным с/ц).
Мы передали на ремонт автомобили физлиц по гарантии в ООО “Альфа”, ООО “Альфа” выставило нам счет-фактуры на ремонт в том числе запчасти, которые использовались. НДС выставленный нам ООО “Альфа” мы приняли к вычету. Поскольку услуги по гарантии в тот период подпадали под ст 149 НК РФ (освобождались от НДС) наша организация должна была вроде как этот НДС восстановить, чего, похоже, не сделала. Часть НДС ушло по проводке Дт 90.02.1 Кт 19.03. Прошла проверка и нам доначислили НДС, который мы должны были восстановить. Правомерно ли доначисление?

правомерно

вы же оказали услугу физлицу по гарантии - бесплатно , без начисления НДС
не имели права на вычет, если конечно расходы по этому ремонту превысили 5% от всех ваших расходов за год или квартал (указывается в учетной политике)

Пунктом 4 ст. 170 НК РФ установлена обязанность ведения раздельного учета сумм НДС по приобретенным товарам (работам, услугам) в случаях осуществления налогоплательщиком операций, подлежащих налогообложению и не облагаемых этим налогом.

Следовательно, такую обязанность несут и те налогоплательщики, которые пользуются льготой, предусмотренной пп. 37 п. 3 ст. 149 НК РФ. Суммы налога принимаются к вычету либо учитываются в стоимости товаров в той пропорции, в которой эти товары используются для производства и (или) реализации товаров (работ, услуг), имущественных прав, операции по реализации которых подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения), в порядке, установленном принятой налогоплательщиком учетной политикой для целей налогообложения, и с учетом особенностей, установленных п. 4.1 ст. 170 НК РФ.

На основании абз. 7 п. 4 ст. 170 НК РФ, если у налогоплательщика в налоговом периоде доля совокупных расходов на приобретение, производство и (или) реализацию товаров (работ, услуг), операции по реализации которых не подлежат налогообложению, не превышает 5% общей величины совокупных расходов на приобретение, производство и (или) реализацию товаров (работ, услуг), он имеет право не вести раздельный учет.