Здравствуйте!
Не очень понятно, в чем ФНС видит ошибку. Если по одному счету-фактуре на аванс идет несколько вычетов, то в графе «Стоимость покупок» указывается общая сумма аванса (1 млн.руб.), а сумма НДС в том размере, на какой положен вычет. У вас остался видеть аванс на 81 149 руб.?
Или вы сделали отгрузки на 1 000 000 рублей, а НДС к вычету с аванса полученного показали в меньшей сумме? Или еще остался видеть аванс на 81 149 руб.?
Если ошибка в том, что вы показали к вычету НДС меньше, чем было надо, то подать уточненку ваше право, а не обязанность. Вы можете просто ответить, что ошибка не привела к занижению налога, а потому уточнение декларации не требуется. Но в этом случае имейте ввиду, что остаток неиспользованного вычета придется забыть, потому что вычеты по НДС с авансов при отгрузке переносить на другие периоды нельзя.
И по терминологии: восстановление НДС - это начисление НДС к уплате ранее принятого к вычету (записи в книге продаж), например, когда вы заплатили аванс поставщику, взяли НДС с этого аванса к вычету, а когда получили товар, то восстанавливаете.
Из описания вашей ситуации у вас наоборот. То есть не восстановление, а вычеты.